На підприємстві розроблена, функціонує та постійно удосконалюється система контроля якості, яка відповідає вимогам УкрСЕПРО.
В 2007 році ДП “ВО Південний машинобудівний завод ім. О.М. Макарова” отримано сертифікат, яким підтверджується, що система управління якістю відносно виробництва, випробувань та експлуатації продукції космічної техніки відповідає державним і міжнародним вимогам ДСТ ISO 9001-2001.
Контроль політики якості на ПІВДЕНМАШі здійснюється шляхом технічного надзора з боку Державного підприємства “Державний науково-інженерний центр сертифікації космічної техніки”.
